Makoto Shishio, el gran espadachin.

Mejor conocido como el guerrero vendado, o el sucesor de Battousai, este espadachín trato de tomar el control de Japon.

Makoto Shishio fue un antiguo destajador, que despues de la partida de Kenshin, se convirtió en el nuevo Battousai. Pero mientras trabajaba como asesino, se entero de secretos que perjudicarían al gobierno Meiji si se difundían. El gobierno decidió deshacerse de el; le dispararon y luego le prendieron fuego; pero a pesar de esto, sobrevivió, pero sus glándulas sudoríparas fueron destruidas, así que su cuerpo podía resistir temperaturas mucho mas mayores a lo que un humano normal puede resistir. Tuvo que cubrirse el cuerpo con vendas por sus quemaduras, y lo hacia ver como una momia. Makoto Shishio le tuvo un gran odio al gobierno Meiji y siempre quiso vengarse de el.

Cuando se forjo el gobierno Meiji, trataron de encontrar a Shishio. Difundieron el mensaje de que había un asesino suelto por Japón.

Shishio conoció a un niño llamado Soujiro, al que su familia lo maltrataba. Shishio le regalo una espada. En una ocasión cuando su familia trataba de matarlo, Soujiro uso la espada y mato a toda su familia, y se fue con Shishio a un largo viaje.

Después de diez años de viajar, Shishio conoció a Hoji Sadojima, un exestratega del gobierno Meiji. Hoji, pensó que Shishio era el único con la fuerza suficiente para controlar Japon. Hoji construyo para un grupo llamado Jupongatana, un grupo formado por diferentes guerreros que odiaban al gobierno Meiji y tiene deseo de derrocarlos.

Shishio se instalo en Tokyo, donde empezó a hacer planes contra el gobierno Meiji. Como ultima medida, tuvieron que llamar a Kenshin Himura para que se encargue del Jupongatana.